Filha de Álvaro da Cunha, senhor de Pombeiro, e de Brites de Melo. Da parte do pai, era neta de D. Leonor de Teles e do seu primeiro marido, João Lourenço da Cunha, e sobrinha da rainha D. Beatriz esposa de D. João I de Castela. Da parte materna, era descendente dos senhores de Melo. Filipa da Cunha tornou-se 1.ª viscondessa de Vila Nova de Cerveira depois da mercê concedida a seu marido a 4 de maio de 1476. Faleceu a 7 de setembro de 1486 e foi sepultada na capela de Nossa Senhora da Piedade do convento de Santo António de Ponte de Lima, que fundou com o marido em 1481.
Casou-se com Leonel de Lima, tendo o matrimónio sido negociado pelo próprio monarca que, por uma carta régia de 12 de abril de 1432, concedeu um dote de 3500 coroas de ouro. Deste matrimónio nasceram dez filhos.