A Junta Consultiva do Ultramar foi criada em 1868 imediatamente após a extinção do Conselho Ultramarino. Apesar de se assumir como um órgão de suma importância para os negócios do Ultramar, a Junta Consultiva do Ultramar apresentava uma estrutura bastante mais modesta que o anterior tribunal. Acompanhava o diploma da sua criação uma exposição ao Monarca justificando a importância de um corpo consultivo para auxiliar nos negócios do Ultramar, bem como das vantagens em torná-lo mais simples que o anterior Conselho Ultramarino, não tendo pessoal administrativo próprio. A organização da Junta Consultiva do Ultramar compreendia: Ministro e Secretário de Estado dos Negócios da Marinha e do Ultramar e nove vogais, sendo seis de nomeação régia e os restantes três eleitos por escrutínio secreto. No artigo 15º do diploma de 23 de setembro de 1868 é feita alusão a um futuro regimento da Junta Consultiva do Ultramar. Este regimento foi aprovado no ano seguinte por decreto de 16 de fevereiro. Inicialmente dividia-se a Junta Consultiva do Ultramar em duas secções uma para a administração e governação geral, e outra para os interesses morais e económicos do Ultramar.
Com a reorganização da Secretaria de Estado da Marinha e do Ultramar, por decreto de 19 de dezembro de 1892, a Junta Consultiva do Ultramar foi remodelada e os seus poderes aumentados através de uma nova proposta de regimento. O número de vogais aumentou em três, passando estes a ser eleitos pelos Deputados que representavam as províncias ultramarinas, nas Cortes. Em 1894, por decreto de 20 de setembro foi aprovado o novo regimento da Junta Consultiva do Ultramar.