O triunfo do movimento da Regeneração restabeleceu de novo um tribunal para os negócios do Ultramar e com a mesma designação que aquele organismo conhecera em setecentos: Conselho Ultramarino. A primeira fase daquele organismo-chave para os negócios do Ultramar decorreu entre 1643-1833. A segunda iniciou-se em 1851 através do decreto de 23 de setembro desse ano. Contudo, esta segunda fase trouxe uma alteração significativa ao organismo. As matérias sobre as quais o Conselho deveria ser ouvido respeitavam a: interposição de regulamentos ou decretos de administração, propostas de lei acerca das colónias que tinham de ser apresentadas ao corpo legislativo, conflitos de jurisdição e competência entre quaisquer autoridades antes de serem submetidos à decisão de Conselho de Estado, recursos a interpor das decisões administrativas nas colónias em matéria contenciosa, concessão de mercês por serviços prestados no Ultramar, e sobre os negócios que deviam ser submetidos ao seu exame. Uma das novidades introduzidas após a análise do que havia levado à sua extinção de 1833 foi a alteração da sua estrutura orgânica. Assim, o Conselho Ultramarino ficou subdividido em sete secções: Governação e Administração Geral, Justiça, Cultos e Instrução, Indústria, Fazenda, Guerra e Marinha, e Chancelaria. Os sete vogais efetivos eram distribuídos por cada secção de modo a ficar cada relator numa. Além destes vogais a estrutura orgânica do Conselho Ultramarino restaurado compreendia o Presidente, o Vice-presidente, seis vogais extraordinários (recrutados entre políticos e militares de reconhecida competência ultramarina), os respetivos Chefes de Repartição e um Secretário, sendo estes funcionários recrutados de outras repartições de outras Secretarias de Estado. Os assuntos eram examinados por três Conselheiros, e os pareceres convertidos em consultas, provisões ou portarias conforme os casos.
Tanto o Ministro da Marinha e Ultramar como outro qualquer membro do Governo poderiam ouvir e tomar parte nas sessões. O decreto de 29 de dezembro de 1852 deu regimento ao Conselho Ultramarino. Contudo, de 1859 em diante assistiu-se ao decréscimo da atividade do Conselho Ultramarino, e no final do ano de 1866, à promulgação do diploma que aprovava o novo regimento do Conselho Ultramarino como Tribunal de Contas. No ano de 1868 o Conselho conheceu extinção.