A Direção-Geral do Ultramar surgiu da organização da Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e do Ultramar dada pelo decreto de 25 de maio de 1838. A Secretaria de Estado teve o seu primeiro regulamento formal dado pelo decreto de 15 de fevereiro de ... »1843, um diploma que veio subdividir em repartições as duas secções da Secretaria de Estado passando a Secção do Ultramar a ser composta por quatro repartições debaixo de um critério geográfico, a saber: a 1ª Repartição para tratamento dos assuntos do Estado da Índia, Macau, Timor e Solor, a 2ª Repartição para tratamento dos assuntos de Angola, a 3ª Repartição para tratamento dos assuntos de Moçambique, e a 4ª Repartição para tratamento dos assuntos de Cabo Verde, da Guiné e São Tomé e Príncipe. Mais tarde, o decreto de 6 de setembro de 1859 tornou a regular a Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e do Ultramar alterando as funções desta repartição que se passou a ocupar da administração política, geral e local das províncias ultramarinas. No decurso da segunda metade de XIX outros foram os diplomas que alteraram a estrutura e funcionalismo da Direção-Geral do Ultramar: o decreto de 29 de dezembro de 1868, o decreto de 1 de dezembro de 1869 e o decreto de 19 de setembro de 1878. O último reorganizou em seis repartições a Direção-Geral do Ultramar estrutura que se manteve, no essencial, até à República. De acordo com a reforma de 1878 cabia à 5ª Repartição da Direção-Geral do Ultramar a contabilidade, situação que se veio a alterar no final da década de 1880 com a passagem da 7ª Repartição da Contabilidade Pública para a Direção-Geral do Ultramar. Esta passagem determinou a assimilação da anterior.«
Registo da correspondência expedida pela Repartição de Contabilidade a autoridades diversas, a saber: os presídios militares, e os diversos corpos de administração militar, as companhias privilegiadas, os bancos, a Secretaria da Guerra, o Hospital ... »Colonial, as legações portuguesas nas diversas capitais, o Ministério das Obras Públicas, o Ministério dos Negócios Estrangeiros, as Misericórdias, a Procuradoria-Geral da Coroa e da Fazenda, entre outras. Os assuntos eram vários abrangendo a esfera de competências da repartição: os orçamentos das províncias ultramarinas, as requisições de fundos, os assentos de pessoal e todos os registos relativos à contabilidade do Ultramar, como o envio de letras, envio de mapas de despesa, relações de descontos de pessoal, pedidos de entrada de quantias, entre outros.«